کمیسیون ورزشکاران مدتی است درگیر اختلافات داخلی شده است و حتی تعدادی از اعضای کمیسیون استعفا داده اند. کمیته ملی المپیک معتقد است آیین نامه کمیسیون ورزشکاران ابهاماتی دارد و قرار شد از کمیته بین المللی المپیک استعلام بگیرند تا آیین نامه بازنگری شود.
با وجود اینکه تعدادی از اعضای کمیسیون ورزشکاران استعفا داده اند و درخواست استعفای خود را تسلیم رضا صالحی امیری کرده اند اما به احتمال زیاد صالحی امیری استعفای آنها را نپذیرد. همچنین به نظر می رسد قرار نیست نه کمیسیون منحل شود و نه اعضا تغییر کنند.
در حال حاضر تنها مسئله ای که مطرح شده این است، پس از تعیین تکلیف آیین نامه، جلسه ای با حضور تمام اعضای کمیسیون و صالحی امیری برگزار و با انتخاب رییس جدید کمیسیون مسئله حل شود. در حال حاضر آرش میراسماعیلی رئیس فعلی کمیسیون است که دوره یکساله‌اش آبانماه پایان یافته است و طبق آئین نامه باید انتخابات داخلی برای تعیین رئیس برگزار شود.
فعلا کمیته ملی المپیک در انتظار پاسخ کمیته بین المللی المپیک به ابهامات آیین نامه کمیسیون ورزشکاران است.
۱۲ آبان سال ۹۶ با برگزاری انتخابات، ۱۵ عضو کمیسیون ورزشکاران(آرش میراسماعیلی، هادی ساعی، قاسم رضایی، کمیل قاسمی، الهه احمدی، مجتبی عابدینی، سعید حسنی پور، حمیدرضا قلی پور، یوسف کرمی، مهدی کامرانی، زهرا نعمتی، علیداد ساوه شمشکی، کیمیا علیزاده، حمید سوریان و کیانوش رستمی) مشخص شدند و با وجود اینکه تصور می شد قرار است این کمیسیون به خیلی از مسائل ورزشکاران رسیدگی کند اما رفته رفته فعالیتش کم رنگ شد.
همین مسئله سبب ایجاد اختلافات داخلی بین اعضا شد تا جایی که در جلسه فوق العاده ای که تشکیل شد تنها پنج نفر از اعضا(هادی ساعی، آرش میراسماعیلی، الهه احمدی، حمیدرضا قلی پور و افشین نوروزی به عنوان علی البدل) حضور داشتند. البته نوروزی هم هنوز حکم دریافت نکرده است.
در مورد علت اختلافات این طور عنوان شده که پس از اینکه دو نفر از اعضا توانستند پست بگیرند دیگر کمیسیون کم اهمیت شد و خروجی لازم را نداشت.
