عملکرد باقری در دوران حضورش روی نیمکت پرسپولیس به گونه ای بوده که مربیان و مدیران با افکار و سلیقه های متفاوت نتوانستند از نامش بگذرند. باقری در دوران فوتبالش هم همینگونه بود و به غیر از یک مقطع کوتاه که با دنیزلی در سال ۸۶ به چالش خورد همیشه محبوب مربیانش بوده است و جالب اینکه در سال های فوتبالش با مربیان زیادی از طیف ها و سبک های مختلف کار کرده و همیشه مهمترین مهره تیم هم بوده است.

او پیش از ابتدای لیگ پانزدهم که به کادرفنی برانکو اضافه شد در لیگ دوازدهم نیز در این سمت بود. او دستیار مانوئل ژوزه و سپس یحیی گل محمدی بود و حالا بعد از هفت سال باردیگر در کادرفنی با گل محمدی همکاری می کند.

باقری را می توان یکی از مهمترین چهره های پرسپولیسی حال حاضر به حساب آورد. مردی که چه سوی سکو، چه نزد پیشکسوتان و چه بازیکنان دارای اعتبار زیادی است و همین باعث شد که در روزهای جدایی کالدرون پرسپولیس با کمترین دغدغه با او کارش را شروع کند. باقری آنقدر اعتبار و تجربه داشت که حتی اگر تیم سرمربی مدنظرش را پیدا نمی کرد می توانست در بازی هایی به عنوان سرمربی تیم را هدایت و کار را دربیاورد هرچند او همین اواخر بازهم گفت که هیچگاه به سرمربیگری علاقمند نبوده و قصد ندارد هرگز سرمربی شود.

کریم در زمان حضور گابریل کالدرون بیشتر از دوران برانکو در کادرفنی مسئولیت داشت و حالا باید دید حوزه عملیاتی اش در زمان حضور گل محمدی چگونه خواهد بود. هرچند حضور او در هر سمت و پستی برای پرسپولیس غنیمت است.