باشگاه‌های استقلال و پرسپولیس با پرونده‌های شکایت بسیاری از بازیکنان و مربیان پیشین خود روبرو هستند. باشگاه استقلال تا ۲۲ اسفند فرصت دارد تا طلب ۹۰ هزار دلاری سرور جپاروف هافبک ازبکستانی سابق خود را پرداخت کند و اگر این اتفاق نیفتد، از دو پنجره نقل و انتقالات محروم خواهد شد. پرونده دیگری که باعث دردسر برای استقلال شده است، شکایت بویان نایدونف هافبک مقدونیه‌ای است. این بازیکن در لیگ شانزدهم و نیم فصل دوم به استقلال پیوست. او به دلیل مصدومیت دو ماه دور از میادین بود و خیلی هم نتوانست کارایی لازم را داشته باشد.

در پایان فصل، وینفرد شفر سرمربی وقت استقلال عذر او را خواست. قرارداد بویان یک سال و نیمه بود و او از مسئولان باشگاه خواست که با پرداخت قراردادش در نیم فصل به همکاری‌اش با استقلال پایان دهد، اما این اتفاق نیفتاد تا اکنون این بازیکن برای سال دوم قراردادش را نیز بخواهد. باشگاه استقلال نیز از این بازیکن شکایت کرده و کار را به دادگاه cas کشانده است، اما، چون پول حق دادرسی را پرداخت نکرده، با مشکل روبرو شده است. این دادگاه تا چند روز بیشتر به استقلال فرصت نداده و این باشگاه اکنون با دردسر جدیدی روبرو شده است.