محمد دانشگر که با تصمیم فرهاد مجیدی سرمربی تیم استقلال همچنان از تیم دور است و در بلاتکلیفی محض به سر می‌‌برد، در چند وقت اخیر توسط وکلای خود مکاتبات رسمی با باشگاه استقلال را شروع کرده است. گرچه در یک ماه اخیر احمد مددی مدیرعامل باشگاه از جوابگویی طفره رفته است ولی در تازه‌ترین مکاتبات اینطور به نظر می‌رسد که استقلال از موضع خود عقب‌نشینی کرده و پاسخش به دانشگر این است که هیچ تصمیم رسمی بر منع تمرین صادر نشده است.
توصیه باشگاه استقلال این است که محمد دانشگر به تمرین همراه سایر بازیکنان استقلال که به سفر لیگ قهرمانان نرفته‌اند، بپردازد. یا این مکاتبات دور از نظر فرهاد مجیدی و برای بازگرداندن دانشگر صورت گرفته یا اینکه مجیدی از موضع خود کوتاه آمده و ضعف دفاعی تیمش را بیشتر به چشم دیده است.
آخرین واکنش رسانه‌ای دانشگر به موضوع کنار ماندنش از استقلال این بود که گفت: هرگونه مطلب تحت عنوان واکنش دانشگر به خط خوردن از لیست استقلال یا نقل قول از من در خصوص سفر به عربستان صحت ندارد. دقیقا یک ماه است با هیچ رسانه‌ای اعم از تصویری، شنیداری، نوشتاری و … مصاحبه‌ای انجام ندادم و اگر هر نقل قولی از من دیدید صحبت من نیست.
پیش‌تر فراز کمالوند مربی استقلال گفته بود: درباره دانشگر تصمیمی خواهیم گرفت که به سود باشگاه و این بازیکن باشد.
دانشگر که به دلیل درگیری با فرشید اسماعیلی سپس درگیری با بهزاد غلامپور کنار گذاشته شد، بارها با واکنش فرشید اسماعیلی مواجه شده و او کوشش کرده تا راه بازگشت دانشگر به تیم باز شود. اسماعیلی در بازی رفت لیگ قهرمانان آسیا مقابل الاهلی هنگام شادی پس از گل پیراهن دانشگر را در دست گرفت تا از بازگشت او حمایت کند
