پیشنهاد کریم باقری به تیم ملی در دوره مهدی تاج رخ داده بود؛ هر چند در آن برهه از زمان بازی های تیم ملی به بهانه کرونا پی در پی به تعویق می افتاد. مذاکره کریم باقری با مهدی تاج به قرارداد منجر نشد چرا که رییس فدراسیون فوتبال به او پیشنهاد داده بود با جدایی از پرسپولیس مربی تیم ملی شود و کریم باقری هم گفت تنها به شرطی در اردوی تیم ملی حاضر خواهد شد که جایگاهش در پرسپولیس حفظ شود.
فدراسیون فوتبال برای بازی های تیم ملی در منامه یک بار دیگر به سراغ کریم باقری رفت و مربی پرسپولیس شرطش را برای همکاری با تیم ملی تکرار کرد و فدراسیون فوتبال این موضوع را پذیرفت به این خاطر که تیم ملی در شرایط حساسی بسر می برد و باید در همه بازی های پیش رو در منامه پیروز می شد تا به دور نهایی مقدماتی جام جهانی ۲۰۲۲ صعود می کرد که خوشبختانه این چنین شد.
اما اینبار که حساسیت از بازی های تیم ملی دور شده و ایران در گروه خوبی هم برای صعود به جام جهانی قرار گرفته است فدراسیون فوتبال از کریم باقری خواست به همکاری خود با پرسپولیس پایان دهد و تمام و کمال در اختیار تیم ملی باشد. ( اسکوچیچ و دستیاران خارجی اش و هم چنین وحید هاشمیان در روزهایی که تیم ملی اردو ندارد در کمپ تیم های ملی جمع می شوند و بازی های لیگ برتر را می بینند. آنها هم چنین فیلم بازی حریفان ایران را به دقت و بارها و بارها می بینند و در این باره با هم بحث می کنند اما کریم باقری به دلیل حضور در تمرینات پرسپولیس نمی تواند در این جلسات حاضر شود.) اما کریم باقری یکی دو روز پیش از حضور در فدراسیون فوتبال و نشست با عزیزی خادم در دفتر باشگاه پرسپولیس حاضر شد و قرارداد خود را با این باشگاه به مدت دو فصل دیگر تمدید کرد.
این بدین معنی بود که کریم باقری روی شرط خود برای همکاری با تیم ملی ایستاده و تنها در صورتی با تیم ملی همکاری می کند که حضورش در پرسپولیس به مخاطره نیافتد. فدراسیون فوتبال که دید نمی تواند کریم باقری را از شرطی که تعیین کرده منصرف کند در نهایت قرارداد جدیدی با مربی پرسپولیس امضاء کرد که گفته می شود این قرارداد پاره وقت است.
نکته جالب اینکه فدراسیون فوتبال در عقد قرارداد با مربیان ایرانی برای تیم های ملی به آنها تاکید می کند حق همکاری با باشگاه ها حتی به عنوان مشاور را ندارند اما به نظر می رسد کریم باقری در این خصوص استثناست. او در واقع برای نوعی کمک خاص به سرمربی تیم ملی استخدام شده و احتمالا نبودش در چرخه آنالیز و طراحی تمرین و … مشابه همان چیزی است که در پرسپولیس هم هست.
در گذشته خیلی از مربیان شاخص ایرانی از قرارداد با تیم ملی امید صرف نظر کردند. واقعیت موجود در فوتبال ایران این است پولی که فدراسیون فوتبال بابت کار در تیم های ملی به مربیان ایرانی می دهد ناچیز است. به خصوص در برابر قراردادی که مربیان با باشگاه ها امضاء می کنند. قرارداد کریم باقری با تیم ملی در برابر قراردادی که با باشگاه پرسپولیس امضاء کرده قابل قیاس نیست و در نهایت به این شرط حاضر شد در تیم ملی باشد که با پرسپولیس هم قرارداد امضاء کند.
از آنجایی که بازی های تیم ملی در روزهای فیفا برگزار می شود و در چنین روزهایی بازی های لیگ برتر تعطیل است کریم باقری می تواند توامان هم با پرسپولیس کار کند و هم تیم ملی،اتفاقی که چندان هم مرسوم و معمول نیست اما…