اولین گزارش‌ها حاکی از وقوع یک حمله قلبی جدی بود و پس از دو روز مطبوعات از مواد مخدر به‌عنوان عامل این مرگ یاد کردند، اما بعد سخنگوی خانواده وی گفت: امروز نتایج کالبد شکافی را دریافت کردیم که نشان داد او بر اثر حمله قلبی و به دلایل طبیعی فوت کرده است.این سخنگو درباره آخرین ساعت‌های زندگی این بازیگر گفت وی از واتیکان دیدن کرد و در حالی که منتظر ورود خواهرش بود با خانواده‌اش در هتل شام خورد و روز فوق‌العاده‌ای داشت.
مایکل پدرش را بیهوش در حمام اتاق هتلش در رم پیدا کرد. او ساعت ۱۰:۴۰ شب از هتل به بیمارستان اومبرتو شهر منتقل شد و در حالی که وقتی به بیمارستان رسید جان در بدن نداشت، پزشکان ۴۰ دقیقه تلاش کردند تا او را احیا کنند، اما موفق نشدند.در زمان مرگ او تقریباً ۶ سال از پایان سریال «سوپرانوها» در شبکه HBO او می‌گذشت.
واکنش بازیگران «سوپرانوها» و فراتر از آن
جهان سینما مبهوت شد؛ هالیوود هم همینطور. موج ادای احترام بود که از سوی همه بازیگران «سوپرانوها» سرازیر می‌شد و تقریباً همه از واژه «شوک» برای بیان احساس‌شان استفاده کردند، از جمله بازیگر نقش همسر وی در فیلم که او را مردی با عمق و حساسیت فوق‌العاده، با مهربانی و سخاوت فراتر از کلام خواند و مایکل ایمپریولی که نوشت: جیمی با همه ما مانند یک خانواده با سخاوت، وفاداری و شفقت رفتار کرد؛ چیزی که در این دنیا نادر است. تونی سیریکو هم از او به‌عنوان یکی از بهترین دوستانش در زندگی یاد کرد و لورین براکو نوشت: ما یک غول را از دست دادیم.
برد پیت که سال قبل از آن در فیلم «کشتار با لطافت» در مکزیک با او همبازی بود، او را یک بازیگر رام نشدنی، یک روح ملایم و یک مرد واقعاً بامزه خواند و گفت: از این فقدان ناراحتم.استیو کارل او را یک مرد خوب خواند و یوان مک گرگور گفت: دنیا یکی از بازیگران بزرگ خود را از دست داد.
سوزان ساراندون هم او را چنین توصیف کرد: یکی از دوست‌داشتنی‌ترین، بامزه‌ترین و سخاوتمندترین بازیگرانی که تا به حال با او کار کرده‌ام.جان تراولتا که دوستی عمیقی با او داشت هم قول داد که از خانواده‌اش، از جمله همسر دوم وی و دختر ۸ ماهه‌شان، لیلیانا، مراقبت کند و نوشت جیمی از سوی او به دیدار پسر وی رفت که سال ۲۰۰۹ درگذشته بود.
نزدیک به یک هفته طول کشید تا پیکر وی به آمریکا بازگردانده شد و بیل و هیلاری کلینتون نقش مهمی در تسریع این روند داشتند و به دنبال آن یک تشییع جنازه در کلیسای جامع سنت جان الهی در منهتن برگزار شد و علاوه‌بر خیل بازیگران، از استیو بوشمی تا داستین هافمن، کریس کریستی فرماندار وقت نیوجرسی هم در مراسم حضور یافت.
کاوت بعداً از مراسم تشییع جنازه در یادداشتی برای نیویورک تایمز نوشت که تورتورو – که نقش خواهر تونی، جنیس را در سریال «سوپرانوها» بازی می‌کرد – به او گفت چیزی که این فقدان را غیرقابل تحمل‌تر می‌کرد این بود که جیمی تازه شروع به لذت بردن از زندگی خود کرده بود. بازیگری که هرگز واقعاً با ستاره بودن خود کنار نیامده بود، از حضور در برنامه‌های گفتگوی آخر شبی خودداری می‌کرد و فقط مصاحبه‌هایی نادر انجام می‌داد و احساس ناامنی عمیقی داشت و همان تابستان بازی در فیلمی را رد کرده بود تا زمان لازم را با خانواده‌اش بگذراند.
در مورد وصیت این بازیگر با دارایی تخمینی ۷۰ میلیون دلاری هم چیزهای زیادی ساخته شد. همسر و دو فرزندش بخش عمده‌ای از این میراث را دریافت کردند ولی او میلیون‌ها دلار را به اقوام، دوستان، منشی و دستیارش واگذار کرد.مایکل که آن روز سرنوشت ساز در کنار پدرش بود – به تحصیل در رشته بازیگری در مدرسه هنر دانشگاه نیویورک پرداخت و راه جیمز را در بازیگری دنبال کرد. او ابتدا نقش‌های کوچکی در فیلمی مانند «هشت یار اوشن» گرفت و سرانجام توانست با بازی در نقش «تونی سوپرانوی نوجوان» به پدرش و نقش نمادینش در «سوپرانوها» ادای احترام کند.
