وقتی نکونام در اوایل دهه ۹۰ به استقلال آمد، قلعه‌نویی سرمربی استقلال بود و همه نوشتند رفقا به هم رسیدند. به نظر می‌رسید زوج قلعه نویی-نکونام دو یار جدانشدنی باشند ولی انگار در این فوتبال هیچ چیز ثبات ندارد.امیر و جواد خیلی زود با هم در افتادند، وقتی نکونام اعتقاد داشت یکی از نزدیکان قلعه‌نویی در تیم قدرتی ماورایی دارد. افشاگری نکونام به رسانه‌ها کشید و دعوا علنی شد. کار به جایی رسید که نکونام در فصل دوم حضورش دیگر نتوانست در استقلال دوام بیاورد و مجبور به ترک این باشگاه شد. اختلافات آنها خیلی عمیق بود. نکونام در مصاحبه‌ای آتشین حرف‌هایی علیه امیر زد که هنوز از یاد هیچ‌کس نرفته. از شادی او به دلیل شکست استقلال در دربی تا لو رفتن ترکیب تیم قلعه‌نویی در یک سفره‌خانه. نکونام چیزهایی گفت که قلعه‌نویی از او شکایت کرد. از همان روز به بعد هیچ‌گاه رابطه این دو دوستانه نشد. قلعه‌نویی و نکونام به عنوان مربی هم بارها مقابل هم قرار گرفتند و چالش‌هایی را تجربه کردند. تابستان گذشته باز هم ماجراهایی به وجود آمد. رسانه‌ها نوشتند به نکونام گفته‌اند باید از قلعه‌نویی عذرخواهی کند تا سرمربی استقلال شود. امیر این موضوع را اصلا تکذیب نکرد. همین طور نکونام. این طور که شنیدیم او در محفلی گفته بود هرگز از قلعه‌نویی عذرخواهی نکرد چون اولا هر بار پاسخ او را داده و دوما حاضر است بیرون بماند و این کار را نکند. در هر صورت با توجه به فشار هواداران، نکونام سرمربی استقلال شد و اتفاقا کار را به خوبی آغاز کرد. ماجرای اختلاف امیر و جواد مسکوت باقی ماند تا بعد ازبازی با گل‌گهر. از آنجا که مشاور رسانه‌ای قلعه‌نویی، مشاور گل‌گهر نیز هست، پیش از پایان بازی انتشار یک بیانیه باعث شد تا نکونام و کادرش دوباره مقابل سرمربی تیم‌ملی قرار بگیرند. مهدی هاشمی‌نسب که از کوره در رفته بود، گفت بیانیه را از تهران نوشته و ارسال کرده‌اند. او همچنین با کنایه گفت بیانیه گل‌گهر از سر دوستی با گل‌گهر نبود بلکه دشمنی با استقلال بود و اضافه کرد بهتر است به فکر تیم خودشان باشند تا فردا که احتمالا باختند دوباره ملت را مقصر شکست خود ندانند. معلوم بود این مصاحبه جنجال به پا می‌کند. مهدی هاشمی‌نسب به کمیته اخلاق دعوت شد و بعضی از کانال‌های استقلالی نوشتند این دعوت کار قلعه‌نویی بوده است! گویا حتی مهدی تاج به دلیل ناراحتی امیر با علی خطیر مدیرعامل استقلال صحبت کرده است. یکی از نزدیکان استقلال در این باره به جام‌جم می‌گوید: «اگر هاشمی‌نسب دعوت شده تعجب می‌کنیم چطور بیانیه‌نویس گل‌گهر که در تهران بوده، به کمیته اخلاق دعوت نشده است. طبق قانون، این کار او خلاف بوده است. قبل از پایان بازی بیانیه داده‌اند ولی می‌بینیم اصلا به کمیته اخلاق دعوت نمی‌شوند.» طبق اعلام فدراسیون، هاشمی‌نسب باید روز شنبه به کمیته اخلاق برود. البته با توجه به این‌که آبی‌ها روز شنبه بازی دارند، این جلسه به تعویق خواهد افتاد. آنچه مشخص است این‌که پشت دعوت هاشمی‌نسب اختلاف قلعه‌نویی و نکونام نهفته است و انگار این دشمنی تمام نشدنی است.
تکذیب مصاحبه امیر قلعه نویی
در پی انتشار گفت‌وگویی از امیر قلعه‌نویی در یکی از رسانه‌ها، بخش رسانه‌ای تیم‌ملی اعلام کرد: سرمربی تیم‌ملی به تازگی گفت‌وگویی با هیچ یک از رسانه‌ها انجام نداده‌اند و انتشار نقل‌قول از او در رسانه‌ها مورد تایید نیست. بخش رسانه‌ای تیم‌ملی با تاکید بر حفظ و تداوم همکاری با رسانه‌های گروهی، از اصحاب رسانه درخواست دارد با توجه به حساسیت روزهای پیش‌روی فوتبال ایران، انتشار اخبار و گفت‌وگوهای مربوط به اعضای تیم ملی را از طریق کانال‌های رسمی دنبال کنند.
