شجاعیان که یکی از جنجالی‌ترین انتقالات لیگ هفدهم بود، با سرنوشتی تلخ به دوران حضورش در استقلال پایان داد. احمد مددی مدیرعامل استقلال اعلام کرد که داریوش شجاعیان از همان ابتدا جایی در لیست تمدیدی‌های فرهاد مجیدی نداشته تا این بازیکن پس از ۴ فصل حضور در جمع آبی پوشان، در نهایت استقلال را ترک کند. اتفاقی که پس از پایان فینال جام حذفی نیز قابل حدس زدن بود.

شجاعیان با سر و صدای زیادی به استقلال آمد. هوشنگ نصیرزاده که در آن زمان مدیرعامل گسترش فولاد بود، هر چند وقت یک‌بار و طی مصاحبه‌هایی که با رسانه‌ها داشت، از بازگرداندن شجاعیان به تبریز خبر می‌داد. علت این امر نیز پاس نشدن چک‌های استقلالی‌ها بود. البته به هر شکلی که بود، اقساط هزینه انتقال شجاعیان پرداخت شد و این بازیکن با خیال راحت در جمع آبی پوشان ماندگار شد اما اوضاع آنگونه که تصور می‌شد، برای علی منصور و خرید جنجالی‌اش خوب پیش نرفت و منصوریان پس از کسب نتایج ناامید کننده، از استقلال جدا شد.

شجاعیان که پس از برکناری منصوریان و در زمان حضور وینفرد شفر به یکی از مهره‌های اصلی استقلال تبدیل شده بود، در دیدار رفت از مرحله یک هشتم نهایی لیگ قهرمانان آسیا برابر ذوب‌آهن و در استادیوم فولادشهر دچار مصدومیت شدید از ناحیه رباط صلیبی شد و همین مسأله باعث گردید او دوری طولانی مدتی از میادین داشته باشد. یک اتفاق تلخ در حالی‌که ممکن بود با آن فرم به جام جهانی هم برود. شجاعیان به دلیل این آسیب دیدگی شدید که پس از پایان لیگ هفدهم گریبانش را گرفت، از میادین دور شد و تا نیم فصل دوم لیگ هجدهم کار را از روی سکوها دنبال می‌کرد. او پس از پشت سر گذاشتن دوران تلخ مصدومیت و دوری از میادین، در هفته شانزدهم لیگ هجدهم و دیدار مقابل پیکان به میادین بازگشت.

این بازیکن در زمان استرا و در روزهایی که بیشتر بازیکنان استقلال با حضور این مربی ایتالیایی عملکرد خوبی را از خود نشان می‌دادند، در دیدار برابر سایپا در حالی‌که یک پاس گل داده بود، یک بار دیگر دچار مصدومیت شدید پارگی رباط صلیبی شد. این بازیکن با دو بار پارگی رباط صلیبی در استقلال و با پشت سرگذاشتن چهار سال فوتبالی بدون اثر در استقلال و با وجود بار مالی که در این تیم داشت سرانجام با تصمیم فرهاد قرار است جدا شود تا یکی از بازیکنان ناکام در استقلال باشد.