استقلال با پرونده‌های مالی متعددی درگیر است که یکی از شخصی‌ترین آنها پرونده هروویه میلیچ، هافبک کروات است.
این بازیکن بعد از جدایی از استقلال به‌دنبال دریافت حقوق عقب‌افتاده‌اش است و از طریق وکلای خود در حال مقدمه‌چینی برای گرفتن حقوقش از باشگاه استقلال است.
اگر میلیچ پرونده شکایتش را با وکلای حرفه‌ای خود پیگیری کند، این مبلغ بدون شک برای باشگاه استقلال دردسرهایی به وجود خواهد آورد و هرقدر هم سود حاصل از انتقال مهدی قایدی قابل توجه باشد، اما به هر شکل این مبلغ نیز مشکلات مالی کمی برای باشگاه استقلال ایجاد نخواهد کرد.
مسئولان باشگاه استقلال اما معتقدند شکایت این بازیکن کروات به جایی نخواهد رسید و با توجه به مستنداتی که در پرونده وی است، استقلال می‌تواند با ارائه لایحه دفاعی مطلوب، میلیچ را در این پرونده ناکام بگذارد اما اگر این اتفاق رخ ندهد باشگاه استقلال و بخصوص مدیریت جدید با چالش مواجه خواهد شد و علاوه بر دستمزد اولیه باید ضرر ناشی از سود دیرکرد را هم به حساب این بازیکن پرداخت کند.
باشگاه استقلال ید طولایی در پرداخت جریمه با بازیکنان خود دارد و بارها اتفاق افتاده که به‌دلیل تأخیر در انتقال پول مجبور به پرداخت جریمه شده است.
در ماجرای پرونده وینفرد شفر همین اتفاق رخ داد و مبلغی اضافه بر آنچه باید به‌عنوان حقوق پرداخت می‌شد، به حساب این مربی واریز گردید و اگر حرف مدیران استقلال در پرونده میلیچ نیز به کرسی ننشیند دیرکرد دستمزد اولیه محاسبه و باشگاه استقلال مجاب به پرداخت آن خواهد شد.
نکته عجیب در جدایی میلیچ این است که مدافع چپ‌پای استقلال در میانه‌های فصل بیستم به‌دلیل اختلاف با فکری از استقلال رفت اما بعد از حضور مجیدی به استقلال بازگشت اما در کمال شگفتی پیش از پایان لیگ بیستم نیز از جمع شاگردان مجیدی جدا شد تا مشخص شود مسأله او و استقلال ارتباطی به نوع روابط با مربیان ندارد و پرداخت نشدن پول است که برای این بازیکن دلخوری به وجود آورده است.
