پس از فیلمهای زیادی از جمله «مهندی»، سلام برادر، بدل و بیچو که در باکس آفیس ناموفق ظاهر شدند، موکرجی توانست در نقش مکمل در یک فیلم دو زبانه در سال ۲۰۰۰ به ایفای نقش بپردازد و تحسین بسیاری از منتقدان را به دست آورد.او سپس توانست با فیلم ترکیبی «یووا یا جوانی» ساخته مانی راتنام و «Bunty Aur Babli ۲» به جایگاه واقعی خود دست پیدا کند.
پس از آن، فیلمهای موکرجی، بیشترین شکستهای خود را در باکس آفیس نشان دادند.او در کارنامه خود، فیلم جنایی «هیچ کس جسیکا را نکشته است» را دارد که همراه ویدیا بالان و مردانی به ایفای نقش پرداخته است.
رانی موکرجی در سالهای اخیر در آثاری، چون «Hichki» محصول سال ۲۰۱۸ که در آن نقش معلمی را بازی میکند که از نوعی سندروم رنج میبرد و همچنین «Mardaani» همکاری کرده است که هر دو آنها توسط یاش راج فیلمز حمایت شده اند.