از زمان حضور کریم باقری در تیم ملی حرف و حدیث‌هایی درباره حضور او که همزمان مربی پرسپولیس هم بود به وجود آمد چرا که حضور همزمان او در پرسپولیس و تیم ملی باعث شده تا موضوع تضاد منافع درباره او به گوش برسد.
حمید استیلی مدیر تیم ملی کشورمان اسکوچیچ سرمربی تیم ملی اعلام کرده که باقری باید بین پرسپولیس و تیم ملی یک تیم را انتخاب کند. این در حالی است که قرارداد کریم باقری با پرسپولیس در پایان فصل به پایان خواهد رسید و او هنوز نه تنها این قرارداد را تمدید نکرده بلکه موضع مشخصی هم درباره ادامه همکاری یا پایان آن اتخاذ نکرده است.
وضعیت قرارداد کریم باقری بگونه‌ای است که او خودش در نهایت تصمیم می‌گیرد که در پرسپولیس بماند یا اینکه با جدایی از این تیم و در سال منتهی به جام‌جهانی ۲۰۲۲ قطر کار خود را در تیم ملی دنبال کند اما هر چه که هست با اعلام حمید استیلی، کریم باقری باید هر چه زودتر تصمیم خود را برای آینده فوتبالی خود بگیرد.
از زمان حضور کریم باقری در تیم ملی برخی صحبت‌ها در خصوص تضاد منافع او برای فعالیت در تیم ملی مطرح شد اما باقری پاسخ قاطعانه‌ای به این مسائل نداد. با این همه باید دید که در نهایت این مربی تصمیم می‌گیرد تا در کدام تیم فعالیت خود را ادامه دهد.
