اسماعیل خلیل‌زاده درباره روند این روزهای استقلال و صعود آبی‌پوشان به صدر جدول اظهار داشت: اگر به مصاحبه‌های قبلی من دقت کرده باشید، در مقطعی که همه از شرایط استقلال گله می‌کردند، گفتم به این تیم فرصت داده شود، می‌تواند نتیجه بگیرد. استقلال مربی بزرگ و تیم جوانی دارد و در آینده بهتر از این خواهد شد. زمانی که از استقلال و استراماچونی حمایت می‌کردم، یکسری از من انتقاد کردند، اما به لطف خدا همانی شد که پیش‌بینی می‌کردم.
وی درباره تقویت استقلال در نیم‌فصل دوم تصریح کرد: سرمربی تشخیص می‌دهد که تیمش بازیکن می‌خواهد یا نه، اما بازیکنان فعلی استقلال بسیار خوب هستند و شما در هیچ تیمی نمی‌بینید که بازیکنانش در این سطح قرار گرفته باشند و فوتبالی به این خوبی را به نمایش بگذارند.
رئیس هیئت مدیره باشگاه استقلال در واکنش به شایعه حذف تیم فوتبال این باشگاه از لیگ قهرمانان آسیا به دلیل ارسال مدارک جعلی به AFC گفت: از این موضوع اطلاعی ندارم. بعید است چنین چیزی صحت داشته باشد! در مورد ارسال مدارک جعلی باید بگویم، آقایان در کمیته صدور مجوز حرفه‌ای مدارک را بررسی کرده و سپس به AFC ارسال می‌کنند. این حرف‌ها درست نیست و قطعاً پیگیر می‌شوم که ماجرا چیست.
یک شخص ایرانی در ترکیه مدعی شده که استقلالی‌ها پیش از آغاز فصل، قصد پرداخت پیش‌قسط قرارداد استراماچونی از طریق طلب‌شان از باشگاه ترابزون اسپور ترکیه بابت انتقال سیدمجید حسینی را داشتند، اما چون باشگاه ترکیه‌ای به استقلال چک داده بود، این چک را از باشگاه استقلال تحویل و به آنها ۸۸ هزار یورو پول داده است. در ادامه این شخص مدعی شد که باشگاه ترابزون مبلغ ذکر شده را به حساب اسماعیل خلیل‌زاده، رئیس هیئت مدیره باشگاه استقلال واریز کرده و اکنون استقلالی‌ها پول او را نمی‌دهند. خلیل‌زاده در واکنش به این مسئله گفت: من ۵۰ روز است که به دلیل بیماری همسرم در رشت به سر می‌برم و نمی‌دانم چرا این مسائل مطرح شده است.
خلیل‌زاده ادامه داد: اگر قرار باشد کسی پولی بدهد، شماره حسابی بگیرد یا هر چیز دیگری، باید در هیئت مدیره مطرح و مصوب شود که این پول قرار است به چه کسی پس داده شود. آیا باشگاه دولتی مثل استقلال ذی‌حساب ندارد؟ گفتند این پول به جای اینکه به حساب فلان شخص واریز شود، به حساب شخص دیگری واریز شده است. مگر اینجا بقالی است؟ ما از باشگاه ترابزون اسپور طلب داشتیم و قرار بود پول‌مان را گرفته و آن را به استراماچونی بدهیم، اما این وسط یک نفر مدعی شده که به باشگاه استقلال پول داده است. اگر این شخص به یک نفر پول داده است، باید از خود آن یک نفر پولش را بگیرد. اگر هم به باشگاه استقلال داده است، باید سند داشته باشد.
وی خاطرنشان کرد: من این شخص را نه دیده‌ام و نه او را می‌شناسم. اسمش را هم تاکنون نشنیده‌ام. این آقا یک روز پیش از اینکه در رسانه‌ها صحبت کند، در واتس آپ به من پیغام داد که اگر پولش برگردانده نشود، با رسانه‌ها صحبت خواهد کرد. به او گفتم من از این بابت نه ترسی دارم و نه وحشتی. اگر پولی به حساب من آمده باشد، باید خودم خبردار می‌شدم. مگر می‌شود برای یک باشگاه دولتی چنین اتفاقی بیفتد؟ اگر این فرد واقعاً طلبی دارد، باید به باشگاه آمده و پیگیرش باشد، نه اینکه در رسانه‌ها تهدید کند. هیئت مدیره باید بررسی کند که طلب این شخص چیست. همین‌طوری که نمی‌توانیم این مبلغ را به شخصی بپردازیم، چرا که آن وقت دستگاه‌های نظارتی از ما سؤال و جواب می‌کند.
رئیس هیئت مدیره باشگاه استقلال تصریح کرد: به خدا از ماجرایی که رخ داده، بی‌خبرم و باید به تهران بیایم و بدانم موضوع چه بوده است. چطور ۸۸ هزار یورو پول از شخصی گرفته شده است و هیئت مدیره از آن خبر ندارد؟ با مدیریت باشگاه صحبت کردم و قرار است برای من توضیح دهند که ماجرا چیست. من باید بدانم این مبلغ به کدام حساب من واریز شده است و ماجرا چیست.
خلیل‌زاده در ادامه درباره اعتراض استقلالی‌ها به داوری‌ها گفت: در بازی با سپاهان، برد استقلال تبدیل به مساوی شد. داور را محروم کردند، اما چه سودی برای استقلال داشت؟ آیا دو امتیاز برمی‌گردد؟
وی در واکنش به اظهارات امیر قلعه‌نویی که گفته است به خاطر یک پنالتی مملکت را به‌هم ریخته‌اند، گفت: یک پنالتی برابر با سه امتیاز بود. ما در زمین سپاهان بازی خوبی انجام دادیم، اما حق‌مان را ندادند. اشتباه داور فاحش بود و باعث ناراحتی ۳۰ میلیون نفر شد. اگر خودشان مقابل استقلال با چنین اتفاقی روبه‌رو می‌شدند، قطعاً تبلیغات زیادی می‌کردند.
رئیس هیئت مدیره استقلال در پایان گفت: متأسفانه شنیده‌ام که با وجود روزهای خوب استقلال، برخی‌ها دنبال حاشیه برای تیم هستند، اما نمی‌گذاریم چنین اتفاقی بیفتد. استراماچونی مربی خوبی است و بارها در صحبت‌هایم گفته بودم که از این مربی حمایت خواهیم کرد. اکنون هم باشگاه در کنار استراماچونی و بازیکنان استقلال است و اجازه ایجاد حواشی را نمی‌دهد.
