دعوت نشدن شجاع به تیم ملی مدت هاست تبدیل به بزرگ‌ترین علامت سؤال در اردوی پرسپولیس شده و تقریباً هیچ مربی و بازیکنی جواب قانع‌کننده‌ای برایش ندارد.
عملکرد شجاع خلیل‌زاده طی دو، سه سال گذشته آن‌قدر مثبت بوده که سیدجلال حسینی در مصاحبه هایش بار‌ها به اینکه حق شجاع بوده تا بهترین مدافع لیگ در فصل گذشته انتخاب شود اشاره کرده بود، اما هم در آن جشن نام شجاع اعلام نشد هم اینکه وقتی لیست تیم ملی بیرون آمد از او دعوت به عمل نیامد! شجاع قهر و سالن را ترک کرد در حالی که می‌دانست کسی یا کسانی در فدراسیون و سازمان لیگ با او مشکل دارند.
در دوران کارلوس کی‌روش مشخص بود سرمربی پرتغالی به خاطر یک مصاحبه (پس از خط خوردن از لیست اعزامی به جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل) از مدافع مازنی سرخ‌ها ناراضی است و شجاع را دعوت نمی‌کند، اما هرگز مشخص نشد چرا بعد از تغییر کادر فنی تیم ملی خلیل‌زاده که آماده‌ترین مدافع پرسپولیس محسوب می‌شد جایی در لیست تیم ملی ندارد.
در آن شرایط البته خلیل‌زاده چاره‌ای نداشت جز اینکه به روال طبیعی فوتبالش در پرسپولیس ادامه دهد و منتظر گوشه چشم کادر فنی تیم ملی باشد، اما دعوت نکردن او تبدیل به ماجرایی پیچیده شد که ظاهراً هیچ‌کس دلیل اصلی آن را نمی‌داند!
دعوت نشدن شجاع به تیم ملی مدت هاست تبدیل به مهم‌ترین و بزرگ‌ترین علامت سؤال در اردوی پرسپولیس شده و تقریباً هیچ مربی و بازیکنی جواب قانع‌کننده‌ای برایش ندارد. حالا به نظر می‌رسد با حضور کریم باقری در تیم ملی مشکل شجاع خلیل زاده هم در حال حل شدن باشد. این دو رابطه بسیار خوب و دوستانه‌ای با هم دارند. باقری معتقد است خلیل زاده در حال حاضر بهترین مدافع میانی ایران است. از آن گذشته دراگان اسکوچیچ هم مثل زلاتکو کرانچار و برانکو هموطنانش اعتقاد زیادی به سبک بازی شجاع خلیل زاده دارد. اگر در اولین اردوی تیم ملی اسم شجاع خلیل زاده را پس از مدت‌ها در فهرست دعوت‌شدگان تیم ملی دیدید چندان تعجب نکنید!
